ジオン軍はドアンをエージェントと認識していたか？

正解は「ドアンではない誰かジオン兵が島の番人としているはず」という認識でした。

上映された本編、Blu-ray、絵コンテからの情報です：

・ドアンが島に近づく連邦軍をことごとく撃破しているので、ジオン軍としては島の兵力はジオン軍のものとして機能していると信じ込んでいた。（ただしそこに居るのはドアンではない誰かという認識。）

・しかし実際は島にいるのはドアンで、しかも裏切っており、弾道ミサイルの無効化工作や、子供たちの養育などを行っていた。今まではジオンがコンタクトをとってこなかったので、それが裏切り者のドアンであることが露呈することはなかった。

・マクベは島への通信状況が不安定であることから、「もしや島にいるのはジオン兵ではなく、裏切り者なのではないか？」と勘づき、サザンクロス隊を捜索隊として送り込む。

・サザンクロス隊は「裏切り者？ドアンだったりしてwww？」と勘づく。

です。